處長之下置副處長 1人，襄助處長處理處務，主任工程師 1人，承處長之命處理工程技術事宜，並設工務、管理、財務、總務等 4組，各置組長 1人及人力資源、主計、輔導、資訊等 4室，各置主任 1人，承處長之命與副處長之指導推行各項業務。

　　此外於工務組之下並設設計股及工務股；於管理組下設灌溉股、督導股及水質股；於財務組下設徵收股、財產股；於總務組下設文書股、事務股及出納股；於主計室下設歲計股及會計股；於人力資源室下設任免股及考核股；於輔導室下設第一股及第二股。

• 依法令綜理處務。
• 指揮監督所屬員工及事業機構。
• 執行主管機關交辦或委辦事項。

• 襄助處長處理處務。
• 綜核文稿及重要業務之擬辦。
• 有關業務之聯繫與協調及重要交辦案件之核擬。
• 業務考核與改進事項。
• 綜理協調跨組室之事項。
• 處長交辦事項。

• 協助處長處理工程及管理方面技術性業務。
• 水源運用及灌溉管理之督導及研究事項。
• 工程之規劃、設計及營運之督導事項。
• 審核工程計畫、設計、工程施工品質、進度之考核及督導事項。
• 工程經費之編擬及工程招標、開標之督導事項。
• 水源開發及農田水利事業效益之研究發展事項。
• 處長交辦事項。

• 分設計、工務二股，辦理水利工程之興辦、改善、復舊、水利設施維護，災害搶修及工程之規劃、測量、設計、招標、考工、工事、驗收等事項。

• 分灌溉、督導、水質三股，辦理水資源開發、灌溉用水調配及設施維護管理、推廣管路灌溉設施及農業水域型太陽光電系統、水利妨害及糾紛案件處理、基層水利小組業務執行及灌溉水質管理等事項。

• 分財產、徵收二股，財產股辦理農田水利非事業用不動產資產活化收益、房地產管理及處分、財務計畫及資金調度、事業所需用地租用或價購徵收有關事項；徵收股辦理各項費用查定徵收與稽核、滯納處理及欠費清理、代徵代收等事項。

• 分文書、出納、事務三股，辦理文書、主管會議、事務諮議委員業務；與辦公處所、車輛、普通工友、動產管理；及票據、有價證劵、保管品等收付、保管等事項。

• 分任免、考核二股，辦理員工任免、待遇、福利、升遷、考核、獎懲、勤惰、訓練、退休、撫卹等事項。

• 分歲計、會計二股，辦理編製年度預、決算，審核會計憑證，會計簿籍登記、使用與保管，報表及統計資料彙編陳報。

• 分第一、二股，辦理機關安全維護、公務機密維護、訴願訴訟彙整、公職人員財產申報、防貪業務、查處業務、利益衝突迴避及政風工作計畫等事項。

• 辦理資訊業務之規劃、改善、訓練推行及資料管理運用等事項。

• 小給水門、小排水門以上灌溉排水設施之維護、管理、歲修、改善、水利妨害之取締及防汛之搶險。
• 小給水門、小排水門以上引水、輸水、分水之管理及調節。
• 水利小組工作之指揮考核。
• 水利糾紛之調解處理。
• 水利政令及灌溉制度之推行。
• 灌溉水質之監視處理。
• 灌溉計畫之擬訂及執行。
• 灌溉排水面積及地籍資料之調查。
• 灌溉管理組織會辦事項。

• 灌溉用水分配。
• 農田水利設施之小給水路、小排水路之維護、管理及修補。
• 農田水利設施災害預防及搶救。
• 有助於提升灌溉用水效率事項。
• 其他灌溉管理組織指示辦理事項。